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説明可能な細胞グラフによる非小細胞肺がんの生存予測

(xCG: Explainable Cell Graphs for Survival Prediction in Non-Small Cell Lung Cancer)

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田中専務

拓海先生、最近読んだ論文で「細胞グラフ」なる言葉を見かけまして、うちの病院案件じゃなく会社の話で恐縮ですが、これって何ができるんでしょうか。導入コストに見合うのかがまず気になります。

AIメンター拓海

素晴らしい着眼点ですね!だいぶ専門的に聞こえますが、要するに細胞同士の関係を地図にして、「どの細胞が患者のリスクに影響しているか」を説明できる仕組みです。投資対効果の観点では要点を3つにまとめますよ。まず何を予測するか、次に説明可能性、最後に実運用の負担です。

田中専務

なるほど、ただ「説明できる」と言われても、その説明が医師や現場で使えるレベルかどうかが肝です。具体的にどんなデータを使うんですか。

AIメンター拓海

使うのはImaging Mass Cytometry(IMC、イメージング質量細胞計測)という、同じ組織中の多種類の細胞を一度に可視化する画像データです。そこから各細胞を分割してノードに見立て、細胞間の距離や関係を縁で表したグラフを作ります。それをGraph Neural Network(GNN、グラフニューラルネットワーク)で学習すると、個々の患者の生存リスクを推定できるんです。

田中専務

これって要するに、細胞を点に見立てて点と点の関係から患者の具合を判定する地図を作るということ?それならうちの工場ラインの不良箇所検出にも似た考え方で応用できそうに聞こえます。

AIメンター拓海

お見事です、その通りです!業務改善の不良検出と同じで、局所的な関係性が全体の結果に大きく影響します。違いは医学では『なぜ影響するか』の説明が強く求められる点で、今回の論文はその説明(explainability)に工夫を凝らしている点が肝です。

田中専務

説明が肝というのは具体的にどう示すんですか。現場で言えるレベルの「この細胞タイプが悪さしている」とかが出るのでしょうか。

AIメンター拓海

はい。論文ではGraph Neural Network向けのLayer-wise Relevance Propagation(LRP、層別関連性伝播)という手法を効率化して、グラフ上の各ノード(=細胞)に対するリスク寄与度を算出します。これにより「この種類の免疫細胞が高いリスクに寄与している」といった形で人間が解釈できる出力が得られるのです。

田中専務

運用面での不安もあります。学習にどれくらいデータが必要で、結果の信頼度はどう担保するのですか。うちなら導入後に経営的責任を取るのは私です。

AIメンター拓海

良い質問です。論文は公開データで416症例のImaging Mass Cytometryデータを使って検証しています。ただし実運用ではデータ量だけでなく臨床情報、例えば癌のステージ(stage)を組み合わせることで精度と信頼性が飛躍的に上がると報告されています。加えてモデルを複数組み合わせるアンサンブルで不確実性を下げる工夫も示されていますよ。

田中専務

承知しました。実務で使えるかは、データ整備と専門家との連携が鍵ということですね。では最後に私の言葉でまとめます。今回の論文は『細胞の関係性をグラフで表し、どの細胞が患者リスクにどれだけ効いているかを説明できるモデルを示した』、という理解でよろしいですか。

AIメンター拓海

その理解で完璧です。大丈夫、一緒にやれば必ずできますよ。次のステップとしては、手元のデータで小さなPoCを回し、解釈結果が臨床や現場の知見と合致するかを確認してみましょう。

監修者

阪上雅昭(SAKAGAMI Masa-aki)
京都大学 人間・環境学研究科 名誉教授

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